عند الساعة 22:20 من یوم السبت في الثالث من حزیران عام 1989م انتلقت روح الإمام الخمیني لتتصل بالملکوت الأعلى عن عمر یناهز 87 عاماً. ووري الإمام الثرى بالقرب من (بهشت زهراء)(جنة الزهراء) إلى جانب ضریح شهداء الثورة الإسلامیة، المکان الذي أصبح یسمى فیما بعد حرم الإمام الخمیني (قدس سره).
